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在传统上，回民也受到历代清朝皇帝的相当优遇，回民能参加科举考试；许多人也能在文武两途出仕，尽管其职位通常并不很高，但从1762年起清帝颁发了歧视他们的严厉的法律。例如陕西和甘肃的回民犯了盗窃和抢，劫罪必须充军到云南和贵州，有时还处以终生戴枷这比其他中国人在犯同类案件时轻科的笞刑要重得多。
这种反回民的法律要比清代最早的重大回民叛乱早约二十年；当然这些回民叛乱又加剧了清朝官员对以清真寺为中心的社会的疑惧。汉民由于十九世纪初年的生活日益困难，就更加把回民看成是土地占有和贸易方面的对手。
汉民和回民打官司的时候，裁决很少对回民持平正态度。汉族官员本人有偏见，满族官员又通常左袒汉民，这让汉回之间的矛盾越发尖锐。
至广西太平天国起事后，各地都兴起了团练，俗称为勇。
清代的勇与兵有严格区分，勇是团练即民兵，兵是正规军。咸丰末年为了对付太平军，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕西团练大臣张芾所留用。
适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年从河南经由武关入陕西，陕西大乱这批被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州（今陕西华县）圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子与姓王的园主商定，每斤铜钱20枚购买。正在砍竹子时主人的父亲来了。
老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。任谁也没想到，这一冲突竟然导致了一场惊天动地的大乱。
只是在钦差大臣多隆阿（1817—1864年）到达以后，清朝才开始转败为胜。多隆阿原来是一名八旗军军官，因胡林翼的提拔而升任湘军将领（在他麾下的那一部分湘军名为楚勇）。1861年多隆阿帮助曾国荃从太平军手中收复了安庆，他自己在1862年攻克了桐陵。
1863年3月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为东干人主要基地的两个市镇。他在8月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。1864年3月他死于对侵犯陕西的四川太平军的战役中，这时他已扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已叛乱且人数众多的回民部队。
陕西的叛乱显然是汉族官绅挑动起来的，但甘肃的叛乱却是回民首先发难的，马化龙的新教教徒则在其中起了很大的作用。早在1862年10月某些回民领袖就传话，说清朝即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙基地金积堡以北四十余里的大城市。
与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的总督恩麟发现只有和为上别无他法。在他的建议下，1863年1月北京为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方队伍都倍蓰增加，冲突与日俱增，所以四年之内除省城和其他少数几个城市外，全甘肃省几乎都被回民部队占领。
这样的状况，是朝廷怎么也不可能接受的，此时又有捻匪人马冲入陕甘等地四吓唬滋扰，朝廷担心陕甘登第彻底失控，急忙调派闽浙总督左宗棠率部前来平乱……
第665章矛盾尖锐
“季高兄，此行可千万要当心！”
在与福建接壤的梅州县，吴可跟匆匆赶来的左宗棠见了个面，闲聊了一下各自的状况后便把话题转到混乱的陕甘地区。
越是了解陕甘地区的回汉冲突，吴可心中越是心惊，左宗棠傲视没提前做好准备贸贸然一头扎进去，可以说一定会吃亏。
陕西还好一些，朝廷兵马虽然连战连败但实力尚存，一些重要城镇依旧牢牢掌握在清军手中。可甘肃的情况就糟糕了，几乎整个甘肃省都落入回民叛乱武装之手，左宗棠想要平叛所处的将是四面皆敌的恶劣环境。
陕甘之地的回汉仇杀十分严重，甘肃的汉人差点被回人叛军屠光，左宗棠要是率兵进入甘肃的话，将面临一省回民之仇视，这样的可能想想都感觉心寒。
可以说，回民做得比太平军彻底多了，他们占领甘肃那真是占领，都不带一点折扣的。不像太平军最鼎盛之时，都没有完全占领一省之地，每每都是与清军势力犬牙交错你中有我我中有你。
当然，事态发展到眼下这一步，再说什么也没啥意思，只能好好准备进入陕甘地区清剿当地叛乱，不管情况有多糟糕左宗棠只能胜不能败。
……
“梦臣放心就是，为兄自有计较！”
左宗棠先是诚恳的感谢了吴可的关心，而后自信满满说出一番让吴可目瞪口呆的话来，让吴可明白左宗棠却是早有准备，其对陕甘回乱的了解颇深，显然接到朝廷调令之后，便做足了准备功夫。
对此吴可只能道一声佩服，左宗棠作为土生土长满请士大夫阶层，能量之大人脉之广不是吴可这等‘爆发户’能够比拟得上的。
中国传统社会中，儒家文化一直被视为普世文化，儒家的价值观念也一直被视为普世价值。作为外来宗教的伊斯兰教，往往被视为异说。“回回教门异于中国者，不供佛、不祭神、不拜尸，所尊敬者唯一天宇。……见中国人修斋设醮则笑之。”汉人则视“回回白守其国俗，终不肯变。结为党伙，为暴闾阎，以累朝之德化而不能驯其顽犷之习”。
入清以来，尽管在较长的一段时期内，官方对待回民的正式态度尚较宽容，但士大夫阶层中对内地信奉伊斯兰教的回回族群的偏见和歧视却甚嚣尘上。
雍正年间，山东巡抚陈世绾两次上奏，指陈回民罪状，请求禁绝伊斯兰教。所奏内容虽为一己之辞，但这种思想在大清的官员中，却较有代表性。
对于那些通过科举跻身仕途的回民官员们来讲，在充满歧视与偏见的官场之中，如何坚守自己的信仰，是一件非常困难的事情。
根据伊斯兰教规，安拉是唯一信仰，禁食猪肉，禁止饮酒。但很多情况下，回族官员往往不得不向皇帝以及其他崇拜的神或偶像进行跪拜，而皇帝赐宴或共同宴饮时，酒肉之禁亦往往不能守。
宗教类回教徒不食猪肉条记曰：“凡以回籍服官者，荐擢至三品，即须出教，以例得蒙赏喫肉，不能辞也。”
乾隆继位以后，朝廷对待回民的态度逐渐发生了变化。当士大夫阶层和各级地方官员中普遍存在的针对回民的文化歧视和宗教歧视上升为国家意志之后，对现实生活产生直接影响的司法歧视便产生了。
从乾隆二十七年（1762年）开始后的100多年间，一系列专门针对回民的律文、例则不断地被制定和完善起来。这些律文、例则使得回民沦为法律意义上的贱民，地方官员在处理回、汉诉讼时扬汉抑回的态度大都根源于此，而一般民众对待回民的态度也深受其影响。
汉人欺负回民，往往认为自己是主人，人多势众，有优越感。对于回民，则认为他们是客户，是少数人无足轻重。是以肆意侮辱，毫无顾忌。冲突中有汉人将猪肉投入回民井中者，有在回民集市宰卖猪肉者，亦有以猪肉故意碰沾回民衣襟挑衅者，不一而足。
故此，“回之防汉，恒虞待以异族；而汉之视回，尤轻蔑而兽畜之。”
同治以前，频繁发生的冲突与摩擦，汉回未尝交恶，或偶因羊豕启争，亦相怨一方而已，旁观者不以为然。从回民到汉民，从民间到官方，彼此都习以为常，认为其不过如漳泉大姓之械斗，未必叛也。因此，几乎没有人想到这种冲突与摩擦会导致同治年间那样一场惨烈的战争。
同治以前，在回、汉矛盾比较尖锐的关中地区，汉人不尊重回民的宗教禁忌，往往导致严重的流血事件。咸丰年间渭南县长尹长龄，捉到一个刀客，头上给套了个猪尿脬。刀客说，我不怕杀，只怕此法。尹说，此法不是我发明的，这是道光年间渭南县某整治回回的办法。
地方官员在处理此类事件时，往往偏袒汉民，致使回汉矛盾激化。
有细心之文人如此描述陕甘回汉人矛盾：“回、汉杂居时，常有无赖汉人侮辱回民。有一汉人以猪肉触到回民的衣衿，回民当面就把衣衿割去，遂至成讼，汉宫不仅不能解决纠纷，且吓唬回民说：‘拿猪肉触你衣衿，你便割去衣衿，若拿猪肠绕你的颈项，你也持刀割去你的头吗？’此回民听后，愤怒万分，然以人少势微，不敢和汉官为敌。